ChIP-Seq
技术简介
染色质免疫共沉淀测序 (Chromatin immunoprecipitation sequencing，ChIP-Seq) ，是在全基因组范围内寻找与目的蛋白特异结合的DNA位点、组蛋白修饰位点和转录因子结合位点等，为全面解析基因调控、蛋白质与DNA互作提供了有效的技术手段。
技术路线 |
送样建议
| 浓度 （Qubit） | 体积 | 总量 | 基因组完整性 |
| ≥5 ng/μL | ≥4 μL | ≥20 ng | 100~500bp，主带明显 |
技术参数
测序策略 | 数据量 | 周期 | |
ChIP-Seq | HiSeq/NovaSeq, PE150 HiSeq2500, SE50 | 3~6G data 10~20M data | 60个自然日 |
案例分析
GATA蛋白家族在细胞重编程过程中的作用机制研究
研究背景
谱系分化转录因子 (GATA家族) 可以代替多能因子 (Oct4) 来完成细胞重编程过程，但其具体作用机制仍不清楚。
研究目的
研究人员通过对小鼠细胞进行RNA-Seq和 ChIP-Seq 研究和组合分析，揭示GATA家族在动物细胞重编程过程中的关键作用。
研究结果
所有的6类GATA转录因子（GATA1~6），是C端（羧基端）具有保守的DNA结合域的锌指蛋白，在细胞重编程过程中均可以直接结合并激活 Sall4 基因的多能性。进一步证实了GATA 家族在细胞重编程过程中的重要作用机制。
Sall4 在GATA 家族诱导细胞重编程过程中起重要桥梁作用
参考文献
[1]. Shu, J. et al. GATA family members as inducers for cellular reprogramming to pluripotency. Cell Res, 2015, 25:169-180, doi:10.1038/cr.2015.6.
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