10x Genomics单细胞转录组测序

技术简介

基于Pacbio10x Genomics单细胞转录组测序以单个细胞为单位进行检测。基于微流控技术的单细胞文库制备系统，可以同时获得100-80,000以上的单细胞，制备文库和Illumina平台兼容，通过测序实现对高通量单细胞数据进行细胞群体的分类以及细胞群体间基因表达的差异分析，是研究肿瘤异质性，免疫细胞群体和胚胎发育的优秀方法。10X Genomics可应用的细胞类型众多，如肿瘤细胞、免疫细胞、干细胞、神经细胞、生殖细胞、 胚胎细胞等。

技术路线（实验+信息分析流程）

 送样建议

 样本类型：细胞悬液，组织等

 应用领域

 发育生物学：神经细胞发育研究、脑发育研究等。

 肿瘤方向：肿瘤细胞异质性、肿瘤微环境、肿瘤耐药性等。

 细胞方向:大规模细胞图谱构建、细胞分化、稀有细胞类型鉴定等。

 免疫方向：构建免疫图谱、免疫细胞分化等。

 生物标志物/疾病分型

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 案例分析

Cell Research： 通过单细胞RNA测序追踪人类胚胎中的第一个造血干细胞生成[1]

研究背景

迄今为止，追踪人类胚胎中的第一批造血干细胞（HSC）的出现，特别是其稀有和短暂的前体，是具有挑战性的，主要是由于技术限制和材料稀缺性。

研究策略

本文对509个细胞进行了良好的单细胞RNA测序（scRNA-seq），对11,440个细胞进行了基于微滴的scRNA-seq测序（10X Chromium），从而首次构建了人类胚胎中HSC生成的分子景观。涵盖了人类胚胎发生过程中从内皮细胞到HSC转换的整个过程。

图1. 人类胚胎单细胞测序分析

参考文献

[1]. Tracing the first hematopoietic stem cell generation in human embryo by single-cell RNA sequencing. Cell Res. 2019 Nov;29(11):881-894. doi: 10.1038/s41422-019-0228-6. Epub 2019 Sep 9.