普通单细胞转录组

技术简介

单细胞转录组测序（Single cell RNA sequencing）基于Illumina测序平台，通过研究某个物种在特定状态或者特定时期下单个细胞的mRNA，针对实际样品信息采用灵活的差异分析策略可以找到生物体不同状态单个细胞差异表达的mRNA，再通过软件进行功能注释，最终可以得到单细胞在生物体中参与生命活动的清晰生物信息图谱。

技术路线

送样建议

 1、新鲜组织分离单细胞，并保证细胞活性和形态完整，不要损伤细胞。

 2、分离的单细胞放入公司提供的裂解液中，每管裂解液用量为4ul，放入细胞时带入缓冲液体积不要超过1ul。

 3、细胞数量：1-1000个细胞，重复单细胞样本个数不少于5个。

 4、加入裂解液的单细胞尽快-80℃保存，避免反复冻融。

 技术参数

 案例分析

单细胞RNA-seq分析揭示了拟南芥雌配子体倍性依赖和细胞特异性转录组的变化[1]

研究背景

多倍体通常会导致细胞或生物体大小的增加，影响转录物的丰度或转录组的大小，但多倍体与转录组变化之间的关系仍不清楚。且植物细胞经常进行内复制，混淆多倍体效应。

研究目的

选择发育稳定且无内复制的雌配子细胞，利用拟南芥四倍体系和等基因二倍体的单细胞RNA测序（scRNA-seq），研究多倍体对基因表达变化绝对水平的影响。

图1. scRNA-seq分析揭示雌配子的基因表达模式

研究结果

与二倍体相比，四倍体植物中单个细胞（中央细胞、助细胞和卵细胞）的转录组丰度加倍，且与它们的细胞大小变化一致，而变化的程度与细胞大小的关系取决于细胞类型。这些scRNA序列资源没有交叉污染，对促进植物杂交、生殖生物学和多倍体基因组学具有独特的价值。

参考文献

[1]. Qingxin Song, Atsumi Ando, Ning Jiang, et al. Single-cell RNA-seq analysis reveals ploidy-dependent and cell-specific transcriptome changes in Arabidopsis female gametophytes[J]. Genome Biology, 2020, 21:178.