多重PCR_SNP检测

技术简介

多重PCR_SNP检测是一种将多重PCR和高通量测序相结合的高效SNP检测技术。通过对多个待检位点设计特异性引物，利用多重 PCR 技术进行扩增，即可一次性扩增出所有待检位点序列，继而结合高通量测序技术实现对大样本多位点 SNP 的检测。

检测原理

送样建议

注：SNP位点数＞50个，每增加50个位点，体积增加10uL。

技术参数

技术优势

（1）适用性广：该技术适用于所有有参物种的 SNP 检测。

（2）灵敏度高：应用高通量的方法可完成对SNP位点及其周围序列的测定。

（3）通量高：将多重 PCR 与高通量测序相结合，运用 Illumina 测序平台，一次可以完成3000个样本200个SNP位点的检测。

（4）成本低：对于大样本、多位点SNP的检测，多重PCR_SNP基因分型检测的成本要远远低于 Sanger检测。

（5）准确率高：HiSeq平台进行高通量深度测序，测序深度可达上万 X，检出率达 95%以上，检测准确率可达到 98%以上。

案例分析

基于多重PCR扩增子目标测序进行SNP基因分型^[1]

研究背景

新一代测序（NGS）技术使基因组重新测序能够在个体间探索全基因组多态性，以及靶向重新测序，以快速和同时检测与各种生物功能相关的基因中的多态性。因此，用于靶向重测序的简单且稳健的方法应促进广泛的生物学领域中的基因分型。

研究方法

检测来自8个亲本种质的443个扩增子以及Bd21和Bd3-1杂交得到的F 1子代的SNP进行基因分型。

研究结果

结果表明通过对模型草Brachypodium distachyon进行基因分型，SNP的检测率能达到95％。评估表明该方法为准确和稳健的SNP基因分型提供了有效的框架。

图1 B. distachyon的8个自然种质中各个染色体上的SNPs的鉴定和选择概况

参考文献

Onda Y, Takahagi K, Shimizu M, et al. Multiplex PCR Targeted Amplicon Sequencing (MTA-Seq): Simple, Flexible, and Versatile SNP Genotyping by Highly Multiplexed PCR Amplicon Sequencing[J]. Front Plant Sci. 2018, 9(201):1-10.