质谱_SNP检测

技术简介

质谱SNP分型技术即是将 PCR 技术与质谱相结合，利用质谱分析对质量灵敏度高的特点，对待检SNP实现高精度分型。

检测原理

送样建议

注：SNP位点数＞50个，每增加50个位点，体积增加10uL。

技术参数

技术优势

（1）通量高、速度快：PCR反应重数可达30重，大大节省了检测时间；运用384板进行检测，每天最多可实现多达50000个SNP的基因分型高通量筛选。

（2）成本低：质谱SNP检测对于大样本、多位点SNP的检测，检测成本要远远低于Sanger检测。

（3）准确性高：MALDI-TOF平台进行检测检出率达95%，准确率98%以上。

（3）灵活、简单：可根据客户需求对SNP位点的检测进行巧妙组合，MALDI-TOF平台能够自动完成多个实验环节，操作简单并且保证了实验结果的可重复性。

案例分析

基于多重基因分型及质谱检测疾病候选基因^[1]

研究背景

复杂疾病通常由多种导致疾病易感性的常见遗传变异支撑。该研究描述了一种成本有效的标签单核苷酸多态性（SNP）方法，使用多重基因分型测定与质谱，以研究临床队列中的基因途径关联。

研究方法

研究以食物过敏候选基因座白细胞介素13（IL13）为例进行了研究。聚合酶链反应（PCR）用于扩增靶基因座，然后是单核苷酸延伸，之后使用基质辅助激光解吸/电离-飞行时间（MALDI-TOF）质谱法测量扩增子。使用基因型调用软件分析原始输出，使用严格的质量控制定义和截止值，确定高概率基因型并输出用于数据分析。

研究结果

该方法通过利用区域内的共享连锁不平衡（LD）有效地最大化覆盖，然后将选定的LD SNP进行多重测定，使得可以同时分析多达40种不同的SNP，从而提高成本效益。

图1 IL13 SNP rs1295686的笛卡尔聚类图

参考文献

Ashley SE, Meyer BA, Ellis JA, et al. Candidate Gene Testing in Clinical Cohort Studies with Multiplexed Genotyping and Mass Spectrometry[J]. J Vis Exp. 2018, (136).