细菌基因组 de novo 测序
技术简介
细菌基因组 de novo测序是对细菌基因组测序后从头组装，在组装的基础上进行基因组分析，功能注释，推测 ORF 是否为真实蛋白编码序列，检查功能位点，分析共有序列或特征序列、单个基因或基因间相互作用、表达调控等功能。细菌基因组 de novo测序已取代传统方法成为研究细菌进化遗传机制，关键功能基因发现的重要工具。主要应用于预测重要基因和蛋白的功能和可能的发生机制，鉴定致病相关基因，开发和研究疫苗及新型抗生素，研究细菌种内进化关系等。
技术路线
送样建议
| 文库类型 | 浓度（Qubit） | 体积 | 总量 | 基因组完整性 |
| DNA 小片段文库 ( <800bp ) | ≥50ng/μL | ≥30μL | ≥1.5μg | DNA 无降解 |
| DNA 大片段文库( 5-6K ) | ≥110ng/μL | ≥180μL | ≥20μg | DNA 无降解 |
| PacBio 文库( 20K ) | ≥110ng/μL | ≥180μL | ≥20μg | DNA 无降解 |
技术参数
| 文库类型 | 测序策略 | 数据量 | 周期 |
| 细菌框架图 | 300bp 小片段文库，HiSeq/NovaSeq PE150 | 100X | 45 个自然日 |
| 细菌精细图 | 300bp 小片段文库，HiSeq/NovaSeq PE150 | 100X | 60 个自然日 |
| 300bp 小片段文库，HiSeq/NovaSeq PE150 | |||
| 细菌完成图 | 20K文库 | PacBio 50X | 90 个自然日 |
案例分析
de novo 测序揭示被称为微生物暗物质的 TM7 的致病分子机制[1]
研究背景
TM7是未可培养细菌中最为神秘的一个门，被称为"微生物暗物质"，并且是一种潜在的致病菌。本研究阐述了 TM7 的不可培养机理致病分子机制以及其独特的附生、寄生的生活方式，这一新发现对于了解 TM7 的生物、生态的重要性具有重要的意义。
研究目的
de novo 测序技术揭示 TM7 致病分子机制。
研究结果
比较基因组学显示，TM7 保守基因具有很强的共线性和最少的基因，以适应寄生的需要。转录组学和代谢组学显示 TM7和 XH001 之间存在一种相互作用的信号；TM7 存在时，巨噬细胞中的 TNF-α 的诱导受到抑制，从而抑制了体内的免疫作用。
图1. 与其他环境中的 TM7 的比较基因组分析
参考文献
He, X. et al. Cultivation of a human-associated TM7 phylotype reveals a reduced genome and epibiotic parasitic lifestyle. Proc Natl Acad Sci USA 112, 244-249, doi:10.1073/pnas.1419038112 (2015).
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