真菌基因组 de novo 测序
技术简介
真菌基因组通常较大且复杂，随着高通量测序技术的成熟，其通量高、准确率高、周期短的特点为真菌研究提供了强有力的支撑。真菌 de novo 测序主要应用于基于基因组数据进行系统发育和进化研究，研究真菌的生存机制，包括腐生、共生和寄生等，研究次级代谢产物的合成途径，分析药用活性物质及与真菌毒素代谢相关的基因。
技术路线
送样建议
| 文库类型 | 浓度 (Qubit) | 体积 | 总量 | 基因组完整性 |
| DNA 小片段文库 (<800bp) | ≥50 ng/μL | ≥30 μL | ≥1.5 μg | DNA 无降解 |
| DNA MP 文库 (2Kp) | ≥110 ng/μL | ≥180 μL | ≥20 μg | DNA 无降解 |
| DNA MP 文库 (5-6K) | ≥110 ng/μL | ≥180 μL | ≥20 μg | DNA 无降解 |
| DNA MP 文库 (10K) | ≥110 ng/μL | ≥180 μL | ≥20 μg | DNA 无降解 |
技术参数
| 文库类型 | 测序策略 | 数据量 | 周期 |
| 真菌 Survey | 300bp 小片段文库，HiSeq/NovaSeq PE150 | 100X | 45 个自然日 |
| 真菌框架图 | 300bp 小片段文库，HiSeq/NovaSeq PE150 | 100X | 60 个自然日 |
| 真菌精细图 | 270bp 小片段文库，HiSeq/NovaSeq PE150 | 100X | 90 个自然日 （包括 Survey 周期） |
| 2K+5K 大片段文库，HiSeq/NovaSeq PE150 | |||
| 2K+5K+10K 大片段文库，HiSeq/NovaSeq PE150 （基因组>100M） |
案例分析
de novo 测序阐述菌根真菌的生活进化史[1]
研究背景
菌根真菌与植物之间建立相互有利、互为条件的生理整体，并各有形态特征，这是真核生物之间实现共生关系的典型代表。
研究目的
通过 de novo测序阐述菌根真菌的生活进化史。
研究结果
对13个外生菌根、兰花以及石南属植物，外加五个腐生菌进行了测序。与其他的腐生菌相比，外生菌根菌编码降解细胞壁的基因的组成较少，但是保留了降解细胞壁基因，这也就说明了他们具有降解木质素的能力。在共生体内，这些非同源的基因被诱导，编码分泌型效应蛋白，菌根真菌通过共生的工具包（减少降解细胞壁基因和菌根诱导基因的系列特异性单元）达到趋同进化。
图1. 菌根共生体的进化
参考文献
[1]. Kohler, A. et al. Convergent losses of decay mechanisms and rapid turnover of symbiosis genes in mycorrhizal mutualists. Nat Genet 47, 410-415, doi:10.1038/ng.3223 (2015).
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