Small RNA 测序_南江生物

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技术服务

Small RNA 测序

技术简介

Small RNA是体内一种重要的调节分子，主要包括microRNA、siRNA（small interfering RNA）、piRNA（piwi-interacting RNA）三类。其主要功能是诱导基因沉默，参与转录后调控等，从而控制细胞生长和分化、个体发育等生物学过程。Small RNA测序采用胶分离手段，收集样品中 18-30nt 的 RNA 片段，基于高通量测序平台，研究特定组织在特定状态下的所有已知 Small RNA，也可发现物种或组织特异 Small RNA 并预测其靶基因，为研究 Small RNA 的功能及基因调控机制提供了有力工具。

技术路线

送样建议

物种	浓度 (Qubit)	总量	完整性及纯度
植物/真菌Total RNA	≥50 ng/μL	≥3 μg	RIN≥7.5，28S/18S≥1.3；基线平整，5S峰正常；无DNA，蛋白，盐离子等污染
动物Total RNA	≥50 ng/μL	≥3 μg	RIN≥8.0，28S/18S≥1.5；基线平整，5S峰正常；无DNA，蛋白，盐离子等污染
原核生物 Total RNA	≥50 ng/μL	≥3 μg	RIN≥8.0，28S/18S≥1.5；基线平整，5S峰正常；无DNA，蛋白，盐离子等污染

技术参数

	测序策略	数据量	周期
Small RNA测序	HiSeq2500 SE50	10~20M data	45 个工作日

案例分析

Small RNA 测序揭示三七根部发育过程中miRNA表达变化图谱^[1]

研究背景

三七中的三萜皂苷被认为是其发挥药效的主要生物活性物质，该物质的生物合成以及调节机制尚不清楚。

研究目的

通过 Small RNA 测序技术，探索三萜皂苷的生物合成及其调节机制。

研究结果

本文从1龄、2龄、3龄生的三七植株根部提取RNA，构建3个 Small RNA 文库，利用高通量测序技术，研究了不同时期的miRNAs，构建了首个三七根部发育的 miRNA 图谱，并通过差异分析，找到了与萜类化合物生物合成相关的基因，促进了对三七根部皂苷类物质的 miRNA 调节机制研究。

图1. 三七中miRNAs靶向聚类及其分布

参考文献

[1]. Wei, R. et al. Identification of novel and conserved microRNAs in Panax notoginseng roots by high-throughput sequencing. BMC Genomics, 2015, 16:835, doi:10.1186/s12864-015-2010-6.